STUBE Sachsen befindet sich in Trägerschaft des Ökumenischen Informationszentrum Dresden (ÖIZ) e. V. Das ÖIZ e. V. ist ein Verein, der aus der oppositionellen Bewegung für Frieden, Gerechtigkeit, Bewahrung der Umwelt in den 1980er Jahren im Raum der Kirchen der DDR heraus entstanden ist. Im ÖIZ e. V. wird desweiteren Migrationserstberatung durch Cabana geleistet.
STUBE Sachsen wird finanziert durch Brot für die Welt und Steuermittel auf der Grundlage des von den Abgeordneten des Sächsischen Landtags beschlossenen Haushaltes.
Einzelne Mittel kommen über den Deutschen Akademischen Austauschdienst DAAD vom Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung BMZ und die Evangelisch-Lutherische Landeskirche Sachsen